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エージェント型バイオインフォマティクス:実行・自己修復・検証を行う

Artificial Intelligence Developer Tools GitHub Science

製品概要

  • 自分の計算資源上で適切なパイプラインを実行
  • 自動自己修復(OOM、欠損インデックス、バージョン不一致)と修復チェーンの可視化
  • 実QCチェックで検証し、PASS/WARN/FAIL/UNVERIFIED の verdict を返す
  • 署名付き・再現可能な記録を出力
  • CLI + ローカルダッシュボード

実装と対応状況

  • Apache-2.0で自ホスト可能
  • nf-core/rnaseq で end-to-end 動作を検証済み
  • scRNA-seq、遺伝子型+体細胞変異、メチル化、16S、メタゲノミクスなど6アッセイにQCパックを準備中
  • ダッシュボードは現状 localhost 専用、プレ収益

試用方法

  • pipx install contig
  • contig run --run-id smoke
  • contig show smoke

要望

  • 壊れたケースを報告してください。回収された障害はデータポイントとして検出器を改善します
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